В основе лечебного действия переменного магнитного поля лежит его способность управлять движением заряженных частиц, что приводит к усилению внутриклеточного и межклеточного обмена. Магнитное поле восстанавливает электромагнитные параметры клеток, нарушенные патологическим процессом, усиливает взаимодействие между химическими элементами, участвующими в окислительно-восстановительных процессах, что улучшает обмен веществ в тканях и клетках организма человека. 

     Под действием магнитного поля в месте воздействия улучшается текучесть крови, снижается ее вязкость, пристеночное тромбообразование. Увеличивается просвет сосудов, раскрываются дополнительные капилляры, повышается их проницаемость, что значительно улучшает кровоснабжение больного органа, обеспечение его клеток кислородом и питательными веществами, вывод продуктов распада и окисления. Улучшение обмена веществ ведет к активизации процессов регенерации, то есть обновления клеток, препятствует развитию воспалительных процессов. Благодаря увеличению количества и проницаемости капилляров в пораженные ткани быстрее проникают лекарственные вещества, а также ускоряется рассасывание отеков. 
     Под действием магнитного поля понижается чувствительность периферических нервных рецепторов, что ведет к затуханию и исчезновению боли. Увеличивается скорость проведения импульса по нервным волокнам, вследствие чего улучшается управление внутренними органами вегетативной нервной системой. 
     Важным свойством магнитного поля является повышение активности всех отделов эндокринной системы (при строгом соблюдении дозировок). Эндокринная система отвечает за выработку гормонов, регулирующих процессы обмена веществ, роста, развития и контролирующих работу различных органов. От нормальной работы эндокринной системы зависит адаптация организма к неблагоприятным факторам внешней среды. 
     К магнитному полю особенно чувствительны иммунокомпетентные органы (вилочковая железа, селезенка, лимфатические узлы и др.), в которых при лечении аппаратом активизируются обменные процессы, что позитивно влияет на защитные функции организма. 
     Магнитное поле стимулирует процессы торможения центральной нервной системы, что проявляется в седативном эффекте: у больных улучшается сон, снимается эмоциональное напряжение. 
     Разнообразно терапевтическое действие и виброакустических колебаний. Мембрана МАГОФОНа воспроизводит колебания в полосе частот от 20 до 20 кГц, создаваемые генератором «белого шума». Колебания мембраны оказывают возбуждающее действие на механорецепторы кожи, сосудов и нервных окончаний. Возбуждение рецепторов приводит к рефлекторному расширению сосудов мышечного типа, увеличению локального кровотока и лимфооттока, то есть происходит усиление обменных процессов и снижение мышечного тонуса (напряжения). Эти процессы происходят при воздействии с частотой 20-50 Гц. При воздействии вибрации с более высокой частотой - 100-200 Гц возникает блокада болевого очага. Параллельно происходит активация отделов мозга, отвечающих за работу желез внутренней секреции, что влияет на усиление адаптации организма к неблагоприятным внешним воздействиям. 
     В процессе лечения любого заболевания акустические колебания воздействуют и на биологически активные точки, разбросанные по всему телу. Возникает рефлекторная реакция связанных с ними мышц и внутренних органов. 
     Совместное воздействие магнитного поля и виброакустических колебаний на пораженную область значительно усиливает лечебный эффект, ускоряет выздоровление как при острых, так и хронических заболеваниях. Особенность МАГОФОНа состоит в том, что организм реагирует на воздействие двух физических факторов не только на клеточном, но и на молекулярном уровне. Это позволяет проводить лечение на высоком качественном уровне, поскольку позитивные изменения происходят не только в больном органе, но и во всем организме. 
     Лечение аппаратом МАГОФОН положительно отражается на психоэмоциональном состоянии пациентов, что играет немаловажную роль в выздоровлении. 
     Курсовое лечение аппаратом МАГОФОН приводит к значительному подъѐму уровня адаптации у пациента, что, в свою очередь, снижает риск возникновения онкологических заболеваний и уменьшает предрасположенность к другим заболеваниям. Уровень адаптации организма расценивается как «способность организма противостоять нежелательному воздействию внешней среды, а также способность к самовосстановлению».